갈등 원인 제주 제2공항 기본계획(안)을 둘러싸고 사업 추진에 대한 찬반 의견이 대립하고 있다. 주민투표 요구와 함께 토지보상, 소음대책, 이주대책, 환경 검증 등 다양한 쟁점이 제기됐다.
반대측 입장 도민 의견 가운데 주민투표 촉구가 1만3030건으로 가장 많았다. 의견 제출 과정에서 전략환경평가와 기본계획의 적정성, 조류충돌 위험 및 보호종·서식지 보전 등을 검증하라는 요구도 제기됐다.
현재 상황 제주도는 도민과 기관 등이 제출한 의견을 국토교통부에 전달했다. 제주도는 주민투표를 공식 의견에 포함하지 않았으며, 오영훈 지사는 주민투표가 찬반 갈등을 더 심화시킬 수 있다는 입장을 밝혔다.