갈등 원인 토지 보상액 산정과 이주 조건을 두고 토지주와 사업시행자 간 협의가 원활하게 이뤄지지 않고 있다. 보상 이후에도 토지나 건물 인도를 거부하는 사례가 발생해 명도소송이 제기됐다.
현재 상황 3기 신도시 5곳의 실제 집행 보상금은 당초 예상보다 1조276억원 늘었고, 명도소송은 2718건에 달했다. 보상·이주 지연으로 남양주왕숙2와 하남교산 등의 입주 계획이 2년 넘게 늦춰졌다.