갈등 원인 새만금 기본계획 변경안은 산업단지 규모를 확대하고 환경생태용지를 줄이는 내용을 담고 있다. 수라갯벌의 생태적 완충지인 농생명 3공구를 대기업 태양광 발전 부지로 활용하는 계획도 논란이 됐다.
반대측 입장 환경단체와 새만금도민회의 측은 갯벌 추가 매립과 생태 보전 기능 약화에 문제를 제기했다. 농생명 3공구를 원형 갯벌 보전구역으로 재지정하고, 산업용지는 기존 농지를 활용해야 한다고 주장했다.