갈등 원인 청주시는 신청사 건립 예정부지의 토지와 건물에 대해 수용재결에 따른 보상금을 공탁하고 소유권을 취득했다. 청주병원은 보상금이 적다는 이유로 이전하지 않고 병원을 운영해 부지 인도를 둘러싼 갈등이 이어졌다.
추진측 입장 청주시는 착공 전에 부지를 확보하지 못하면 사업계획에 차질과 막대한 경제적 손실이 발생한다고 밝혔다. 병원 측의 자발적 이전 의사가 없다고 보고 법적 대응과 강제집행을 신청했다.
현재 상황 청주병원은 수용재결 손실보상금 약 178억 원 중 약 172억 원을 출급했지만 이전하지 않았다. 청주시의 인도 청구 항소는 기각됐고, 청주시는 병원과 인근 상가 2곳에 대한 강제집행을 신청했으며 대법원 상고심이 진행 중이다.