갈등 원인 정비구역 안에 있는 무악재성당의 이전 문제를 두고 조합과 성당의 입장이 엇갈렸다. 조합은 이전 보상안을 제시했고, 성당은 이전할 경우 기존 공원 부지를 종교 부지로 변경해 달라고 요구했다.
현재 상황 양측은 이전을 전제로 협의를 진행하고 있으며, 조합은 성당의 요구를 수용하는 방향으로 검토 중이다. 설계 변경에는 인허가가 필요해 조합은 서대문구청 및 서울시와 협의할 예정이다.