갈등 원인 기장 어민들은 고리원전 온배수로 인한 어업 피해 범위가 조사 결과보다 넓다며 이의를 제기했다. 피해 범위와 어업생산량, 피해 기간 및 지연손해금 산정 등을 두고 한수원과 어민들의 입장이 대립하고 있다.
추진측 입장 한수원은 온배수 피해 범위가 12.4㎞라며 전남대 용역의 17.5㎞ 산정에 문제가 있다고 주장한다. 어업생산량과 피해 기간, 지연손해금 판단에도 오류가 있다고 보고 항소했다.