갈등 원인 정비사업 과정에서 교회가 이주를 요구받지만 종교시설 보상 규정이 불명확하다는 지적이 있다. 교회 측은 토지·건물 가치와 임시 예배 장소 및 이전 비용 등이 충분히 보상되지 않는다고 주장한다.
반대측 입장 교회 측은 최소한 기존 규모에 맞는 일대일 보상과 종교시설 신축, 임시 거처·이사·인테리어 비용 등을 요구한다. 일부 교회가 현금 청산 통보와 명도소송으로 이주 압박을 받고 있다는 주장이 나왔다.