갈등 원인 연천군은 군사안보·수도권 규제 등으로 경제적 낙후와 인구 감소를 겪고 있다고 호소한다. 앞선 경기도 공공기관 이전에서 연천군이 배제된 데다 3차 이전에서도 제외될 수 있다는 우려가 있다.
추진측 입장 연천군 측은 공공기관 이전이 지역 균형발전과 일자리 확충에 기여할 것으로 본다. 특히 경기도경제과학진흥원이 연천BIX의 바이오산업 육성과 연계될 수 있어 연천에 적합하다고 주장한다.