갈등 원인 조합은 감정평가액 약 82억원을 제시했지만 사랑제일교회는 563억원을 요구해 보상금 갈등이 발생했다. 양측은 500억원과 대토 부지 등을 조건으로 이전에 합의했으나 교회 측이 이전 절차를 중단했다.
추진측 입장 조합은 사업 지연에 따른 피해가 커질 수 있다고 보고 사랑제일교회를 정비구역에서 제외해 재개발을 추진하기로 했다. 이를 위해 정비계획을 수정하고 관련 인허가 절차를 다시 밟을 계획이다.