갈등 원인 현행 재개발 관련 법령에는 종교시설 보상 기준이 구체적으로 마련돼 있지 않아, 교회들이 토지·건물 보상과 종교부지 배정에서 불이익을 우려하고 있다. 종전가와 재건축·이전 비용 사이의 격차도 갈등 요인으로 제시됐다.
반대측 입장 교회들은 보상액이 이전·재건축 비용에 미치지 못하거나 종교부지가 축소·배제될 수 있다고 문제를 제기한다. 교회 측은 적정한 보상과 종교부지 확보를 요구하며 조합과 협상하고 있다.
현재 상황 기사에는 서울·경기·대전 등 여러 지역의 협상 사례가 소개됐다. 일부 협상은 보상액 증액이나 종교부지 조정으로 마무리됐고, 한 교회는 건축비 상승분을 두고 협상을 진행 중이다.