갈등 원인 국토교통부가 주민 동의 없이 성산을 예정지로 발표하면서 토지 수용과 마을 이전 우려가 제기됐다. 운영 과정의 항공소음 피해와 후보지 선정 과정의 신뢰성 문제, 환경수용력 초과 우려도 갈등의 배경이다.
반대측 입장 반대 측은 주민 동의 없이 농지와 마을을 수용하는 것은 부당하며, 항공소음과 제주 환경·공동체에 미칠 영향을 우려한다. 도민이 사업 추진 여부를 결정해야 한다고 주장한다.