갈등 원인 공항 건설 계획이 조류 충돌 위험과 세계자연유산인 서천갯벌 보호 문제를 충분히 고려했는지가 쟁점이다. 1심 법원은 입지 선정 과정의 검토가 미흡했다며 사업 기본계획을 취소했다.