갈등 원인 모아주택 사업 추진 과정에서 주민 간 이견과 공사비 분쟁, 이주 갈등이 발생해 일부 사업이 지연되고 있다. 모아주택은 공사비 검증 제도가 없어 조합과 시공사 간 분쟁을 제도적으로 관리하기 어렵다는 지적도 있었다.
추진측 입장 서울시는 모아주택 착공을 앞당기기 위해 공정 관리와 갈등 해결 지원을 강화할 계획이다. 전문가 지원단을 현장에 투입하고 표준계약서와 공사비 검증 제도를 마련하겠다고 밝혔다.