갈등 원인 청주시는 신청사 건립 부지에 편입된 청주병원 토지를 수용하고 보상금을 공탁했지만, 병원은 이전하지 않고 해당 부지를 계속 점유해 운영하고 있다. 이전 부지와 추가 지원금 등을 둘러싼 협의도 합의에 이르지 못했다.
반대측 입장 청주병원은 제시된 대체 부지의 규모와 접근성 등을 이유로 거절했다. 임시 이전에 필요한 리모델링 비용 지원을 요구했고, 보상금 증액을 위한 소송과 이의재결 절차도 진행했다.
현재 상황 청주시는 2022년 9월 16일 청주지방법원에 강제집행을 신청했다. 병원 이전이 지연되면서 신청사 건립 일정에 차질이 빚어지고 있으며, 현재까지 이전 문제는 해결되지 않았다.