갈등 원인 청주시는 신청사 부지를 확보하기 위해 청주병원 토지와 건물을 수용하고 손실보상금 178억 원을 공탁했다. 병원은 보상금이 적다고 주장하며 퇴거하지 않고 영업을 이어가고 있다.
추진측 입장 청주시는 수용 재결과 손실보상금 공탁으로 소유권을 취득했으므로 병원이 토지와 건물을 인도해야 한다는 입장이다. 대체 부지 마련을 위한 협상에 진전이 없어 강제집행을 신청했다.