갈등 원인 청주시는 신청사 건립을 위해 청주병원 부지와 건물 소유권을 매입했지만, 병원은 보상금이 부족하고 이전 여건도 마련되지 않았다고 주장한다. 병원 측은 매수 협의가 충분하지 않았고 강제 수용이 부당하다고 보고 있다.
반대측 입장 청주병원은 보상금이 턱없이 부족하고 병원을 이전할 여건도 마련되지 않았다고 주장한다. 상고했으며, 강제퇴거 조처가 이뤄지면 집행정지 가처분 등 법적 대응을 하겠다고 밝혔다.