갈등 원인 새만금 개발로 새로 형성된 매립지와 도로·신항 등 기반시설의 행정구역 관할을 두고 군산시·김제시·부안군의 이해가 충돌하고 있다. 중앙분쟁조정위원회가 새만금 신항을 군산시 관할로 결정하면서 갈등이 다시 불거졌다.
추진측 입장 중앙분쟁조정위원회는 신항 인근 두리도·비안도의 행정구역과 과거 어민들의 어업 활동 등을 고려해 신항을 군산시 관할로 결정했다. 군산시는 관할권 분쟁을 중단하자고 제안했다.