갈등 원인 새만금신항을 별도 무역항으로 지정할지, 군산항의 부속항으로 지정할지를 두고 두 지역의 입장이 맞서고 있다. 항만의 기능과 물류 이익, 새만금 개발에 따른 지역별 혜택 배분이 갈등의 배경이다.
반대측 입장 김제시는 새만금신항을 군산항과 별도의 무역항으로 지정해야 한다고 요구한다. 김제 측은 두 항만의 조성 목적과 기능이 다르며, 별도 지정이 전북의 물류 경쟁력을 높일 수 있다고 주장한다.