찬성측 쟁점 정부와 여당은 세종시가 행정도시로서 자립성이 없다고 판단하여 원안 수정을 주장했다. 주요 쟁점으로는 세종시 이전이 행정업무의 비효율성을 초래하며, 지역 경제뿐 아니라 국토의 불균형 발전 해소에 미치는 영향이 미흡하다는 점을 들었다.
반대측 쟁점 야당은 세종시가 행정도시로서 이미 자립성을 확보했으므로 원안의 실행을 주장했다. 주요 쟁점으로는 세종시 계획이 여러 차례 논의와 우여곡절 끝에 설립된 것이며, 수정안이 지역 현안 및 지역 경제에 미치는 영향이 미미하다는 점을 들었다.