“안면도에 핵폐기물 처리장을 세운다”는 초안은 1990년 9월 원자력위원회(위원장 : 부총리)를 통과해 곧바로 Ⅲ급 비밀로 분류된 채 안면도 현지에서 처분장소를 매입해 오다 1990년 11월 9일 열릴 예정이던 원자력위의 최종의결 준비과정에서 언론에 의해 11월 3일에 공개되었다. 그에 따라 안면도 지역주민들은 강력한 반발을 하였다.?
주민들이 행한 반발의 형태는, 그 강도의 면에서 단순한 시위, 과격한 반발양태로 나눌 수 있다. 먼저 강도가 약한 단순한 시위는 11월 4일에서 7일까지 있었다. 여기에서 중요한 것은 주민대표가 과기처 장관이 핵 처리장이 아니라고 설명했음에도 불구하고 이를 신뢰하지 않았다는 점이다. 또한 과기처 장관이 공식적으로 TV뉴스에서 주민이 반대하면 계획추진을 하지 않겠다고 했음에도 불구하고, 지서와 예비군 무기고에 방화를 했으며 반핵?반원자력 단체들이 조직적으로 이에 개입했다는 것이다. 결국 사태의 진정은 강제적이고 물리적인 힘인 경찰투입과 정치적으로 장관의 경질로 인해 이루어 졌다.
과기처장관은 기자간담회와 주민면담에서 원자력 제 2연구소가 핵폐기물처리장 이 아니라고 해명했다.(그러나 국정감사에서 국회의원들의 질문에 대한 과기처장관의 답변에는 분명히 처리장 계획이 있었음을 시인했다. 그러므로 그 당시 사실을 숨겼음을 알 수 있다.) 그 후 주민반발이 심해지자 TV뉴스에서 주민이 원하지 않으면 사업추진을 하지 않겠다고 발표했다. 이러한 과기처장관의 갈등 회피적이고, 유화적인 태도와는 달리, 경찰은 병력을 투입하여 사태진압을 했다. 최종적으로 정치적인 해결책으로 대통령은 과기처장관과 충남도경국장을 해임했다.
주민과 정부기관 간의 갈등양상은, 약한 갈등의 형태인 단순한 시위와 사업계획에 대한 책임 있는 철폐요구에서 지서와 예비군 본부의 방화, 투석전 등의 강력한 반발의 형태로 전개되었다. 또한 그 해결이 잠정적인 해결일 뿐 어느 지역이든 이와 유사한 문제, 즉 원자력에 관한 사안에 대한 주민과 행정기관간의 갈등의 잠재성은 그대로 남겨둔 채 마무리 되었다.-